En general, yo creo que muchos Cargadores no quedaba otra que ir analizando el Código del Juego... Vamos, desensamblarlos e ir siguiendo la lógica del Programa.
Habría que buscar algún tipo de instrucción como "LD Registro, nº de Vidas" y luego buscar la Rutina donde se decrementaba ese valor y si por ejemplo conseguías anular esa Rutina pues ya tenías Vidas Infinitas y/o Inmunidad...
¡Suena sencillo leído así! 
Creo que si consigues enganchar el depurador, ya lo tienes casi hecho. Puedes ir viendo el código y trazándolo. Intentar entender el código que obtienes al desensamblarlo es un poco heavy. Vamos, yo he desensamblado+comentado algún juego y no ha sido cosa de un día...
Si tienes acceso a la memoria, lo tienes fácil. De hecho, en openMSX tienes el "findcheat" que te permite ver qué posiciones de memoria se han (por ejemplo) decrementado entre diferentes capturas. Con eso encuentras las posiciones de las vidas o lo que tu quieras en cuatro o cinco capturas. Si tienes acceso a la memoria en la maquina real, puedes hacer lo mismo: lo vuelcas a un fichero y miras qué posición está correlada con lo que buscas.
Yo creo que debían usar algo para copiar el contenido de la RAM a otro ordenador (16 bits?) y luego debían comparar capturas. Había gente que hacía cargadores como churros, así que no creo que se pusieran a analizar el código desensamblado en detalle.
Si alguien que enviaba cargadores a las revistas nos lee, ¡que nos cuente el secreto!
Sé que en PC (y de nuevo hablo de memoria...) había algún Programa para buscar la dirección donde se guardaban las vidas y poder modificarla. Creo que era el "Game Wizard". Su funcionamiento era el siguiente: se cargaba el Programa y quedaba residente en memoria. Para activarlo se le mapeaba-asociaba una Tecla que normalmente nunca se usaba, en concreto creo que era el "asterisco". Tú cargabas el Juego, pulsabas el "asterisco" para acceder el Game Wizard, buscabas las posiciones de memoria que incluían ese número de vidas, volvías al Juego, te dejabas matar/perder una vida, volvías al Game Wizar y volvías a buscar las direcciones originales que ahora contenía el "valor de las vidas menos uno".
Sí, es lo que decía antes, que es la forma más sencilla de hacerlo.
¿Cómo lo hacían en un MSX real? Esa es la cuestión. Para mí es eso: protoboard conectada a un cartucho homebrew, con un programa en la ROM que transfiere al Atari ST (¿puerto serie?), y ahí comparas capturas de memoria. Luego con el ensamblador en el MSX o ensamblador cruzado en otro ordenador escribes el CM del cargador. Sí, me lo estoy inventando... ¡pero no le veo mucha alternativa!
Saludetes. ;-)
Off-topic: me escribiste hace unos años algunos emails por otro tema. Te reconozco por tu saludo